南沙港区拥有优良的口岸通关环境。2008年，南沙港区成为全球首批“国际卫生港口”。南沙保税港区：2008年10月，国务院批准同意设立广州南沙保税港区，规划控制面积7.06平方公里，区域包括南沙港区一期、南沙港区二期、南沙物流园区一期、江海联运码头和南沙出口加工区。目前港区已顺利完成了保税港区硬件设施和信息系统的建设。2009年7月9日，广州南沙保税港区（一期）通过了由国家验收正式封关运作。提供24小时通关服务提供便捷报关方式，实行“多点报关、南沙验放”的通关模式。实施国际货物的便捷通关。为企业提供海关政策法规咨询服务。

南沙港深水港，进出口业务繁忙。广州港的航线网络也持续得到完善。外贸航线总数达到120条，其中南沙港区至东南亚主要港口已基本实现天天班。在深化口岸合作方面，广州港联合广州海关推出“湾区一港通”通关模式，实现南沙港区与南海南港等8个内河码头口岸无缝衔接。

由广州海关、广州港集团创新推出的“湾区一港通”项目在广州正式启动。进出口货物在内河港口一次性办理全部通关手续，运抵南沙即可装船，实现经南沙港转运的进出口货物“7×24”小时快速通关。该项目将在广州、佛山、肇庆、清远、云浮、韶关等港口码头全面实施。

进口：食品、化妆品、木材、机械、化工品等

出口：五金、塑料、皮革、家私、陶瓷、纺织品、电子电器类、纸制品、填充玩具、工艺品、食品、化妆品

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